Các phiên bản Đồng Khánh địa dư chí

Sau khi hoàn thành, sách được lưu giữ tại Nội các của triều đình Huế. Khoảng những năm đầu thế kỷ XX, Viện Viễn Đông Bác cổ tại Hà Nội được phép mượn bản đó để sao chép ra một bản đưa vào sưu tập thư tịch Hán Nôm của Viện này, đánh ký hiệu A.537.

Khoảng năm 1940, cơ quan Toyo Bunko (Đông Dương văn khố) của Nhật Bản đã nhờ Viện Viễn Đông Bác cổ giúp tổ chức sao chép cho một bản chép tay sao lại từ bản A.537. Tuy nhiên, do phần các bản đồ hơi mờ nên sau đó Toyo Bunko cho người sang Hà Nội xin chụp thu nhỏ bằng phim ảnh.

Riêng về bản gốc của triều đình Huế, vẫn được xác nhận tồn tại đến tận năm 1967 ở Đà Lạt, trong kho tài liệu của triều đình Huế do chính quyền Việt Nam Cộng hòa di chuyển từ Huế vào. Tuy nhiên, hiện tại bản gốc đã bị thất lạc, không rõ tung tích.